Diagnostics et fouilles sont au centre de la démarche scientifique et de la politique de recherche de l'Inrap. Ainsi, l'activité de terrain se prolonge par un certain nombre d'axes de recherche qui permettent d'intégrer chaque fouille au sein d'une dynamique nationale voire internationale. Au cours des années 2006, 2007 et 2008, ces axes ont pour thèmes : le Paléolithique inférieur et moyen ; les approches territoriales du NéolithiqueNéolithique
(gr. neos, nouveau, et lithos, pierre). Phase du développement technique des sociétés préhistoriques (pierre polie, céramique), correspondant à leur accession à une économie productive (agriculture, élevage). Il commence dès le IXe millénaire au Proche-Orient, vers le VIe millénaire en Europe et se termine avec l'âge du bronze. ancien et moyen ; l'occupation du sol à l'âge du Bronze et au début du premier âge du Fer ; l'organisation des territoires ruraux à la fin du premier et au second âge du Fer ; les établissements ruraux et l'organisation des campagnes durant l'Antiquité ; l'habitat rural et son environnement au haut Moyen Âge ; l'espace urbain et ses composantes ; les données récentes sur le peuplement précolombien et amérindien en Amérique du Sud et dans les Caraïbes.
L'exploitation des résultats se traduit notamment par une politique de publications, de séminaires, de colloques et de conférences scientifiques. Chaque année, les chercheurs de l'Inrap publient plus de 200 articles dans des revues scientifiques en France et à l'étranger.