L'Institut national de recherches archéologiques préventives a été créé par la loi du 17 janvier 2001 relative à l'archéologie préventive (article 4 désormais codifié sous les articles L.523-1 et suivants et suivants du code du patrimoine), sous la forme d'un établissement public national à caractère administratif (EPA) de recherche, placé sous la double tutelle des ministères chargés de la culture et de la recherche.

En 2002, les biens, droits et obligations de l'Association pour les fouilles archéologiques nationales (Afan) lui ont été dévolus, cette association ayant en conséquence été dissoute.

Les missions de l'Inrap sont :
- la réalisation des diagnostics sous réserve des décisions (ponctuelles ou pour une durée minimale de trois ans) que peuvent prendre les organes délibérants de collectivités territoriales de faire réaliser ces diagnostics par leurs services archéologiques dès lors que ceux-ci ont été agréés par l'Etat à cet effet ;
- la réalisation des fouilles si l'aménageur soumis aux prescriptions choisit de faire appel à l'établissement public parmi les autres opérateurs potentiels (service archéologique territorial ou toute autre personne de droit public ou privé dès lors que sa compétence scientifique est garantie par un agrément délivré par l'Etat).

Plus généralement, le législateur a posé le principe selon lequel "l'établissement public assure l'exploitation scientifique des opérations d'archéologie préventive et la diffusion de leurs résultats. Il concourt à l'enseignement, à la diffusion culturelle et à la valorisation de l'archéologie."

Il a également précisé que pour l'exécution de ses missions, l'institut peut s'associer, par voie de convention, à d'autres personnes morales dotées de services de recherche archéologique.

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